Avføringsinkontinens kan skyldes et antall grunner, som diaré, forstoppelse eller en nerve- eller muskelskade. Personer med sykdommer som påvirker det sentrale nervesystemet (for eksempel multiple sklerose (MS), Parkinson’s sykdom, spina bifida, slag, osv.) har ofte forstoppelse eller avføringsinkontinens. Dette oppstår fordi det er en forstyrrelse i nervebanene. Hvis nervene som kontrollerer de anale lukkemusklene eller de som sanser avføring er skadet, kan dette forårsake forstoppelse eller fekal inkontinens.
Mange forskjellige legemidler kan forårsake avføringsinkontinens ved å påvirke tarmfunksjon, lukkemuskulaturen eller kognitiv oppmerksomhet. Avføringsinkontinens kan også skje hvis du har betennelsessykdommer som Crohns sykdom eller ulcerøs kolitt. Både Crohns og ulcerøs kolitt forårsaker diaré, som deretter kan forårsake lekkasjer. Løs avføring og hastverk fra tarmen kan få selv den sterkeste bekkenbunnen til å lekke hvis toalettet ikke er nært nok.
I tillegg kan bare det å bli syk påvirke avføringsinkontinens. En eldre person med en medisinsk tilstand kan være immobil, kognitivt svekket og/eller oppleve mangel på appetitt og vanskeligheter med å drikke nok væske. Alle disse faktorene kan øke risikoen for inkontinens.